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利用形态特征和ISSR标记对35份山茱萸种质资源进行遗传多样性分析，利用NTSYSpc-2．11F软件分析遗传相似系数，UPGMA方法聚类，构建亲缘关系系统图。结果表明，35份山茱萸在9个性状上差异明显；分子标记中9条引物共得到条扩增条带179条，其中有164条呈现多态性，占91．6％，遗传相似系数变化范围O．575-0．877。对其进行数据化处理后聚类，35份山茱萸材料可划分为2个类群6小组，材料的聚类结果与地理分布、形态特征有一定的相关性。