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采用真菌核糖体基因转录间隔区（ITS）通用引物，PCR扩增了大豆疫霉根腐病菌具有差异的17个菌株的ITSI与ITS2．经过与DL2000的标准分子量DNA进行比较，得到了大约800～1000bp左右的片段，并对PCR产物进行了序列测定。以USA为外类群利用最大简约法构建了大豆疫霉根腐病菌的系统发生树，并分析了菌株之间的遗传进化关系。结果表明：不同菌株ITS1和ITS2在碱基构成上有很大差异，17个菌株大致分为4个谱系中，且来自于同一地区的菌株大都分布在同一谱系中，显示出地理上的差异。