针对收费公路行业双轨制运营模式的选择问题,对政府还贷公路与经营性公路的运营效率差异进行了实证研究。收集2014年和2015年的混合截面数据,采用三阶段DEA方法对29个省级行政区的收费公路运营效率进行测度,并使用Tobit回归模型分析政府还贷公路对行业整体运营效率的影响,以此比较政府还贷公路与经营性公路的效率差别。研究结果表明:双轨制下收费公路行业的整体运营效率不高,仅为0.717,远低于铁路运输企业与高速公路上市公司;一阶段与三阶段DEA结果差异很小,即外生环境因素不能解释运营环节的低效问题,行业运营低效可能内生于管理体制;政府还贷公路比例的增多对行业整体运营效率有显著的负面影响,即政府还贷公路运营效率较经营性公路差;重新界定政府行业主管部门的职能与角色定位以实现体制创新是短期内改革的重点;完善特许经营制度与加强PPP模式的力度与范围以保障政府还贷公路存量与增量向经营性公路的有序转变是长期改革中的必经之路。