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研究肽段从头测序需要解决的问题之一是区分亮氨酸和异亮氨酸残基,利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)所产生的w型离子区分这两种氨基酸残基是目前最常用的方法。本研究以6对合成的同分异构肽段(由7~15个氨基酸构成)为例,来说明w离子信号强度较低且有时不能产生,在区分多肽中的亮氨酸和异亮氨酸时受肽段长度和序列的限制。而亮氨酸与异亮氨酸的变化会导致亚胺相关离子、内部断裂离子、b-型和y-型离子等相对强度的微小变化。通过比较这些骨架断裂变化所产生的微小差异,可为区分肽段中的亮氨酸