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水产养殖与环境的双向互动多样且复杂。本论述的3个主要问题是:过去发生了什么,现今的趋势如何,以及未来可能会怎样?传统的水产养殖大多数是环境友好的,因为它主要利用像农作物秸秆及动物或人类粪便等在农庄及当地可获得的废物和副产品作为在开阔水域鱼类养殖以及贝类和海藻养殖系统中的营养物投入或天然食料。在不很遥远的过去,废料、副产品和天然食料是大多数养殖水生生物的唯一营养来源,而现代水产养殖越来越多地使用了引发水产养殖主要环境问题的颗粒饲料。