三峡大坝建成后，将形成一个长６６２．９ ｋｍ，面积１０４５ ｋｍ２的巨型水库，水库的蓄水会使库区水体的稀释自净能力降低。而目前重庆市辖区内船舶总数已达６ ０００艘左右，旅客日均流量在６万人左右。船舶含油污水、生活污水、船舶垃圾等对库区水质造成破坏：其中油类排放量将为 ５ ６９４ｔ／ａ， ＣＯＤｃｒ为 １５３３ ｔ／ａ， ＢＯＤ５为 ７６６．５ｔ／ａ， ＳＳ为 １８４０ ｔ／ａ，生活垃圾为 ５ ０００ ｔ／ａ，会严重影响整个三峡库区水生态系统。近年来虽然国家重点执行对船舶油污水排放实行控制，船舶垃圾进行接收处理等多项措施，但据调查，随着航运业的发展，现有船舶污染治理主要还在管理、宣传、执法、港口设施、船舶设备更新等７个方面存在问题，船舶对库区水环境的污染日趋严重。为避免船舶对库区水域的污染，除对库区航运规模、船舶数量作总量控制外，还从资金、机构建设、设施建设、环保执法、船舶设备更新等方面提出了综合防治对策，使因船舶排放污染物对库区水域造成的污染减少到最低程度，确保三峡库区水污染整治规划目标的早日实现。