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自“营改增”全面实施以来，高校财务会计工作受到重大冲击。“营改增”与高校的横向科研课题、国有资产出租出借等涉税项目息息相关。高校计税依据、税率、征收机关发生改变，高校会计工作正面临前所未有的机遇与挑战。结合SWOT分析方法，从高校“营改增”的内部优势、劣势与外部面临的机遇和挑战出发，深入分析高校“营改增”问题，并提出相应解决对策，希望对我国高校健康、有序发展提供借鉴和参考。