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与基因组SSR（gSSR）相比,基于EST开发的SSR（EST-SSR）成本低,物种间通用性更强,同时EST-SSR来源于基因编码区,可以作为功能基因的直接标记,因此EST-SSR的开发和应用逐渐受到人们的重视。就葫芦科主要瓜类作物（西瓜、甜瓜和黄瓜）EST-SSR的研究进展进行回总结,并预测和探讨了EST-SSR标记的发展趋势,以期为今后该种新型分子标记在瓜类作物上的应用提供参考。