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以高蛋白、抗条纹叶枯病的红米水稻‘Kasalath’和本实验室培育的低直链淀粉含量、株型好、产量高的水稻‘上师大3号’为亲本进行杂交。利用蜡质基因(Waxy)在第1内含子5′端剪切位点上游55 bp处CT重复序列的重复数与直链淀粉含量呈负相关的特性,设计了1对SSR引物,利用与抗条纹叶枯病基因(Stv-bi)紧密连锁的SSR标记RM287设计了另1对SSR引物,结合田间表现,利用这两对引物对两亲本的杂交后代进行基因型选择,成功培育出具有‘上师大3号’蜡质基因和‘Kasalath’抗条纹叶枯病基因的红米水稻