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在对我国疾病预防控制专业防治站所进行合理定位与定性的基础上，理顺其运行补偿机制：（1）对于整个机构的人员经费、基本建设经费等应由政府全额保障；（2）对于公共卫生服务实行项目管理，财政全额保障；（3）对于公益性治疗服务实行“总额预付＋按病人按年度付费”，合理控制医疗费用，探索建立病人自付、医保、政府财政三方共同支付的埋单机制，从而保障专业站所公共服务的提供，使机构的公益性和社会性得以体现，保障全民享有公共卫生保健服务。