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ＨＬＡ－Ⅱ类基因的多态性是Ⅱ类分子多样性的分子基础，近年来对Ⅱ类基因表达具有调控作用的启动子部分的结构也有所了解，发现近侧启动子部分具有多态性，表现为顺式作用元ＤＱ，ＤＰ的多基因家族，在免疫应答中起着关键的作用，和其它基因启动子一样，Ⅱ类基因的启动子序列位于基因编码区５端上游，对结构基因的表达具有调节功能。