必须承认，无论是在主动退市过程中，还是在其他类型交易过程中，A股市场的少数股东往往都处于弱势，其主要原因如下：在交易过程中处于信息劣势;表决权劣势;对上市公司经营缺乏影响力;公司治理整体水平较低;“搭便车”心态下，少数股东力量难以有效整合。
　　由于上述因素，在退市过程中，在是否应该退市、退出价格/时机诸多变数上，少数股东都可能遭受损失。根据退市的一般程序及对应关键要素，针对少数股东利益的保护措施应该涵盖多个方面。
　　建立具有代表性的退市协调小组/委员会，充分发挥上市公司独立董事的功能。鉴于退市往往需在限定时间窗口内完成，需要确保此平台具有较高工作效率，因此，建立一个小规模的、具有较广泛代表性的退市小组/委员会是一个可行的操作方式。退市小组/委员会应该涵盖各方（需要突出少数股东）的利益代表以及法律、财务相关的专业人士。其中，独立董事作为董事会成员，熟悉公司情况、具备一定的专业能力，且在设置时即被赋予保护少数股东的工作职责，因此在退市小组/委员会运作中，独立董事应履行重要的组织及协调职责。
　　针对退市事宜，确保充分的信息披露。针对退市这样的重大事项，少数股东需要在是否接受退市、可接受的对价水平、退出时机以及是否退出（即在退市之后继续保留股东身份）等方面做出重要决策。而这些决策的基础是关于上市公司退市以前以及退市之后的战略、经营、财务等方面的各类重大信息。因此，应对拟退市的上市公司提出严格的信息披露要求，同时允许利益相关方（包括少数股东及少数股东团体）对公司采取独立审计或尽职调查。
　　健全退市公司决策机制，确保少数股东充分的话语权。在信息透明、协调充分，少数股东对退市利弊形成充分权衡的前提下，应赋予少数股东在股东大会等重要议事场合的意思表达渠道以及能够与优势股东抗衡的权利。《意见》中规定的股东大会实施“双2/3”的表决机制以及有关联关系的股东应该回避表决的要求，基本上体现了前述基本要求。
　　建立公允的股权价值评估及强制股份回购/转让机制。退市的结果往往是公司实际控制人全面接管公司经营，而少数股东丧失通过公开市场退出的渠道，所以，公司实际控制人给予少数股东恰当的补偿（包括公司回购/转让等多种方式）符合一般的“互利”商业规则。因此，这里的核心问题是补偿的强制性，以及补偿方式与水平。对于前者，《意见》要求主动退市公司对决议持异议股东的回购请求权、现金选择权等做出专门安排;而对于后者，则需要依赖公允的资产评估程序。
　　建立健全退市后“三板”股权转让市场。退市之后，对于在退市过程中未退出的少数股东，需要通畅的股权转让渠道，可以考虑在现有基础上进一步完善场外“三板”股权转让市场。
　　落实诉讼与法律救济。在上市公司发展过程中，可能存在较多历史纠纷和法律瑕疵，因此在正式告别公开市场之前，这些事项（特别是涉及少数股东的事项）应得到妥善解决。在《方案》中，为了妥善处理退市与民事赔偿的关系，退市方案突出强调了“重大违法公司及相关责任主体”而非“退市公司”的民事赔偿责任。当然，这也依赖证券市场整体法律环境的持续优化。
　　充分的少数股东教育，包括退市的可能性、厘清法律规则、中小股东的权利义务。在最近ST创智退市过程中，少数股东曾发起针对重组方案的股权征集活动，发起人联络人竟然遭到其他少数股东的辱骂甚至威胁，几个主要的发起人因为顾及家人安全和个人声誉，被迫提前结束征集。从这个案例不难推论出，少数股东的充分配合是上市公司平稳退市的重要前提。证券市场的运行依赖各类规则，而退市规则也是其中的组成部分。因此，监管部门和社会媒体应加强针对少数股东教育，让其充分接受并认同这些规则，在保证自身合法利益的同时，充分接受各项法律规则，在退市过程中保持足够理性。