2007年8月10—29日对南海北部41个站位进行了浮游植物群落结构的调查。调查结果表明,共发现浮游植物5门80属216种(包括变种、变形、未定种),调查期间南海浮游植物以硅藻为主,占所有物种数的64.81%,占总浮游植物细胞丰度的89.11%;甲藻次之,占所有物种数的30.56%,占总浮游植物细胞丰度的10.62%;蓝藻门的红海束毛藻Trichodesmium erythraeum在许多站位也占有相当的比例。绿藻和一些淡水的蓝藻只在珠江口附近的站位才被检出。主要优势种为海链藻Thalassiosira sp.、菱形海线藻Thalassionema nitzschioides、中肋骨条藻Skeletonema costatum、微小原甲藻Prorocentrum minimum和裸甲藻Gymnodinium sp.。从平面分布来看,南海北部在珠江口外围和台湾浅滩海域存在2个浮游植物丰度高值区。表层和次表层浮游植物的平面分布格局差异很大,表层浮游植物的丰度平均为25.21×103个.L?1,高值区在珠江口附近海域;次表层浮游植物丰度平均为9×103个.L?1,高值区在台湾浅滩海域。调查区域的浅水站位(<200m)的浮游植物丰度远高于深水站位(>200m)。从垂直分布来看,浮游植物的细胞丰度基本上自上而下随水深的增加而逐渐降低,最大丰度在10m水层。深水站位与浅水站位的浮游植物垂直分布结构有很大的差异。硅藻类在浅水站位中基本随深度的增加而减少,但在10m处出现最大值;而在深水站位则存在次表层(75m)最大值的现象。甲藻类在浅水站位中随深度增加显著减少,而在深水站位的75m以上其分布比较均匀。越靠近外海,浮游植物中硅藻所占的比例越小,硅甲藻比率大的海区一般具有高的生产力和较高的浮游植物丰度。调查海区表层和次表层的浮游植物Shannon-Wiener指数的平均分别为2.8和3.0,生物多样性高的区域分别位于珠江口、粤东近海和海南的东部近海,浅水站位的浮游植物多样性指数远高于深水站位。