目的了解上海市徐汇区急性呼吸道感染病毒病原学现况。方法 2012-2016年收集监测点医院流感样病例咽拭子标本,采用Real-time RT-PCR方法检测。结果对4 660份标本进行流感检测:flu A 18.80%,flu B 6.78%。对364份标本中进行7种呼吸道病毒PCR阳性率18.68%,其中flu A+flu B 10.44%,HRV 2.75%,ADV、HBo V和PV1型均为0.82%;RSVB 0.55%,PV2、PV4均为0.27%,hm PV未检出。比较一个流行年不同监测点流感检出率无差异。2012-2016年聚集性流感样病例疫情11起,集中在冬春季,流感占90.91%,无暴发疫情。结论徐汇地区呼吸道病毒多样化,流感病毒最常见,且呈冬春季和夏季双峰流行,B型、季H3型、新H1H1型交替,夏季高峰多以季H3型为优势毒株。流感样病例就诊百分比与流感病毒检出率呈正相关。学校、托幼机构为呼吸道病毒感染聚集疫情重点防控单位。应长期监测主要呼吸道病毒活动水平。