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在7个数据集上对3种不同聚类算法与3种不同相似性度量标准的多种组合进行实验，以评估这些因素对聚类性能的影响。为便于确定聚类参数，提出一种针对蛋白质结构预测的聚类中心选择算法。实验结果表明，在3种相似性度量标准中，RMSD对于聚类的效果最好，而在3种聚类算法中，SPICKER性能最优，其次是AP聚类算法。