作为国家治理现代化的底层微观设计，基层的治理现代化对国家治理现代化具有重要的基础性支撑作用，直接影响着国家治理现代化的整体绩效。从当前基层社会所面临的问题和基层政府治理实践来看，三个方面的困境制约了基层治理现代化的实现。价值困境，表现为既有权力结构体系下的被动式治理问题。主体困境，即不同主体间的能力差异以及政府主导与社会参与的非均衡问题。效力困境，人治似乎比法治更“有效”。推进基层治理现代化的过程中，其制度化、民主化和法治化的现代治理价值目标的实现，必须根据基层治理固有的实践性和多样性特征做出适应性变革。经由标准化走向制度化，规范基层政府的权责边界和治理规程。经由透明化走向民主化，建立健全基层公共事务信息共享机制。经由协商化走向法治化，在参与和互动的过程中确立规则的权威性和认同度。