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由于近30a的断流,使本来就处于干旱环境中的塔里木河下游末端朝着更加干旱的方向急剧发展,致使原有的荒漠植被大量消失,植物成片死亡,或濒于死亡,并形成大片裸地;遗留种类极度贫乏,群落结构简单,一年生草本植物趋于灭绝。调查表明,2000年5月开始实施的生态输水工程,使该地区生态环境有了较大改善,地下水位普遍提高;部分地区盐化草甸植被得到了一定程度的恢复;盐柴类灌木荒漠植被得到部分恢复;次生胡杨林在一些地区可望扩大规模。但物种灭绝的不可逆性,决定了这一区域内仅靠单纯的放水措施不可能使自然环境完全恢复到历史