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利用项代项目组织管理理论，首先分析了当前高校在承担重大科研项目中存在的问题，认为高校在组织重大科研项目中缺乏有效的组织形式来凝聚所拥有的各种优势；为此，构建了以重大科研项目为中心，集高校、科研院所、企业和政府为一体的矩阵型组织，通过实施组织模式，有利于充分发挥高校的优势，提高高校在重大科研项目中的申请命中率，提高重大科研项目实施的效率。最后，对矩阵型组织在重大科研项目全过程的运营进行了阐述。