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采用L25（5^6）正交试验设计,对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应（SCoT-PCR）的5个因素（Taq酶用量、Mg^2＋浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度）进行优化试验,建立了籽用西瓜SCoT-PCR反应体系：Mg^2＋2.5mmol·L^-1、dNTPs 0.15mmol·L^-1、Taq酶1.5U、引物0.5μmol·L^-1、模板DNA 20ng,总体积20μL。比较各因素对扩增反应的结果,其中以Mg^2＋浓度的影响最大,Taq酶用量的影响最小。