多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基

来源 :物理化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:luo311
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基于牛视紫红质模板蛋白,同源模建多巴胺第三受体(D3R)蛋白三维结构,在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)膜.水模型环境,开展300ns分子动力学模拟提炼优化其结构,取得稳定的D3R蛋白三维结构(2808.D3R).在该蛋白基础上,采用MP2/6.31G(d,p)方法,计算多巴胺(Dop)与氨基酸残基相互作用的结合能,确定五个残基(Asp117、Ser208、His272、Phe269和Thr276)为活性位点.五个活性位点残基分别位于D3R蛋白跨膜螺旋区TM3、TM5和TM6,组成活性空腔结构.多
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