一、部分集体科技企业历史遗留的产权问题还没有解决，影响企业的发展
　　
　　集体科技企业最初的资本来源包括借款、私人储蓄、上级单位拨款(有些是国有机构、集体企业的预算外资金)等。90年代初期以前的外部环境对民营科技企业还不象目前这样宽松，企业注册为研究所、技术开发部或公司时，如果有上级主管单位，就可以称为全民所有制或集体所有制性质的科技企业，便可以享受企业营业所得税三减三免或两减两免的优惠政策，而私营企业则不能获得这种待遇。因此，绝大多数集体民营科技企业不论资金来源如何复杂，初始投资者是谁，多数被注册为全民所有制或集体所有制，从而使企业产权变得模糊不清，给企业进行股份制改造带来了一定困难。应该说，在企业建立初期，明晰产权的问题并不重要，特别是领办人有一定的权威时，问题也不大，但当企业发展到一定程度的时候，就不可避免地会涉及到利益的分配，这就使一些矛盾暴露出来，影响企业人员的稳定和企业的健康成长。
　　集体科技企业由于产权不明晰，近年来引发出来的一些问题主要有：
　　第一，企业行为短期化，缺乏积累的内在动力。由于产权不清晰，企业的投资者与经营者对企业的资产有一种不安全感，着眼于眼前利益，存在不同程度的分光、吃净现象；个别的企业还担心国家收走企业的资产，因而把大部分资产转移到国外。
　　第二，其经营管理机制出现了新的矛盾。民营科技企业遵循“两不”“四自”原则，对旧的管理机制进行了一系列大胆改革。但在产权归属不清和企业性质含糊的条件下，一系列新的矛盾又陆续开始出现，使原来一些灵活的运行机制出现异化。最突出的是相当一批企业自我约束的机制不能有效地建立起来，管理没有走上正轨，缺乏规范健全的规章制度；相当一批企业没有形成比较稳固的领导核心，缺乏凝聚力，许多企业创办人和总经理的权力极大，不能正确处理创办人与职工关系，经营者的权力缺乏有效的监督和制约。
　　第三，出现了一批假集体或假挂靠。由于前几年各地工商部门坚持创办集体所有制者必须有主办和挂靠单位，因而有些人为了取得税收优惠政策，本来是私人投资的企业，也纷纷挂靠国有单位或戴上“集体”的红帽子，办成了集体所有制企业，使一批名为集体实为私营或个人合伙的科技企业存在于集体所有制之中。
　　第四，出现了一批不应有的经济纠纷。近年来，由于产权归属不清，民营科技企业在发展中出现了许多经济纠纷和案件。
　　民营科技企业在发展中因产权归属不清而引发的经济纠纷和经济案件主要有两个方面：一类是挂靠或联营单位借机侵吞科技企业财产；另一类是由于产权归属不清，造成了一些误捕和错判。例如，北京中关村某科技公司，1998年4月成立，国家和集体没有投入分文，是创办人借私人的钱起家，创办时因海淀区没有私营企业，就登记为集体所有制。公司成立后也没有按集体所有制原则进行管理，因总经理经营有方，公司成立一年多，技工贸总收入就达到400多万元。后因该公司的会计人员举报说创办人有贪污行为，就使创办人被海淀区检察院错捕，结果经工商和法院查清情况后无罪释放。
　　
　　二、技术创新后劲不足
　　
　　我国民营科技企业在90年代初期树立了“开发即经营”的现代观念，不断加大科技投入的力度，在技术创新方面保持了旺盛的活力，从而使企业在市场竞争中获得了不断发展的动力。1992年以前，民营科技企业大部分的业务活动以科技开发、科技咨询服务、科技产品贸易为主。不少民营科技企业在资金困难的情况下，以贸易养科技开发，使科研投入占总收入的比例持续增加，1993年科技投入曾达到1151％。然而自1993年以来，随着企业产业化与规模化进程的深入，企业的“工业”成分明显增加，较大规模的其它生产要素投入增加以及1994年以后受宏观调控的影响，民营科技企业投入占总收入的比例逐年下降，从1994年到2000年逐年锐减到277％。
　　
　　三、管理落后，亟需加强自身建设
　　
　　多数的民营科技企业在创业初期是靠亲朋好友资助、友情联合、亲缘联合才得以发展的，企业管理带有浓厚的家族色彩，多年来一直用血缘和亲友关系代替经济发展所需要的企业内部关系。在一些小型的民营科技企业中，采用家族管理所占的比重还相当高。以家族为核心形态的管理模式构成中国民营科技企业发展初期的一个共同特征。当民营科技企业规模较小时，家族式的管理方式还比较适应，甚至有一定的优越性。在企业面临全球化的今天，目前西方发达国家政府也把家族企业和私人企业视为解决失业问题的主要力量，但随着企业的迅速崛起和规模的不断扩大，家族企业致命的弱点纷纷暴露出来，家族管理缺乏公平竞争机制，任人唯亲和决策上的随意性必然导致民营科技企业内部管理混乱和无序，从而使企业竞争力削弱，严重阻碍了民营科技企业科技产业化的进程，特别是对于已经具有一定规模的企业来说，科学管理问题是企业的主要问题。正如远大公司的总裁所说的那样：“我一直认为企业最强的不是它的技术，制度才是决定你这个企业所有活动的基础。”而制度以及对制度的执行效果体现的就是企业管理水平。在这方面，许多民营科技企业是有深刻教训的。
　　
　　四、民营科技企业尚未建立一套有效的激励机制
　　
　　经过20年的发展，民营科技企业的素质结构得到了不断优化，在内部管理上完善了内部分配机制和社会保障制度，对吸引人才、留住人才、激励人才起到了一定作用。在薪酬管理方面，许多民营科技企业借鉴传统薪酬制度，并尝试了一些新的让知识参与资本、参与分配的方式。但总的看来，目前在民营科技企业薪酬管理中还存在一系列问题。
　　第一，薪酬结构单一，缺乏一个比较完善的长期激励机制。目前，我国民营科技企业大部分实行的是以工资、奖金为主的传统薪酬制度，薪酬结构单一，这与民营科技企业现代企业制度建设步伐相对滞后有关。过去由于所有制问题不能上融资，我国民营科技企业从总体上还没有引进股票期权这种薪酬制度作为吸引优秀人才和激励员工参与公司发展和提升业绩的工具，也缺乏激励公司员工追求公司长远利益的经营股权分配形式。其他形式的长期激励机制也很少看到，这就使得我国民营科技企业薪酬机制的激励效果不明显，特别是对经理人阶层、公司技术骨干，这个问题日益突出。
　　第二，福利制度方面，目前我国民营科技企业中尚无固定的令人满意的福利模式。福利作为薪酬计划的组成部分，不仅仅是一个“钱”字所能涵盖的。在很大程度上，福利象征着企业与员工一定时期内的价值取向。据调查，北京、上海、深圳民营科技企业的经理人普遍对福利现状表示不满，但是对于理想的福利模式又没有统一看法。由此可见，目前我国民营科技企业尚无固定的令人满意的福利模式。他们认为与外资企业相比，中国民营科技企业在强调个人价值与报酬的平衡方面差距甚大，软福利、可选式福利、现金福利等欧美企业流行的福利形式，在我国民营科技企业中很难看到。
　　第三，对人力资源的评价标准不科学。民营科技企业现行评价标准大多数是学历、工龄、资历，没有实行基于能力的职能工资制，没有坚持人力资本的增值大于财务资本的增值。民营科技企业普遍推行的绩效评估手段是建立在传统的经验基础上，缺乏客观的评价标准，从而在一定程度上造成了组织效率低下，评估工作的盲目性和非系统性，使设计出来的薪酬制度缺乏激励作用。
　　简单套用传统的物质激励方法（如工资收入、奖励提成、退休金年计划等）并不适应民营科技企业的特点和创业要求。民营科技企业在激励机制方面往往存在以下几点不足：
　　第一，激励制度不能帮助员工树立稳定的预期和信心，民营科技企业的员工大都缺乏安全感和稳定感。尽管不少企业已经建立了养老保险、医疗保险等生活保障制度，但员工总是对未享受到的收入待遇缺少信任，产生出激励制度“成文多、实施少”的抱怨。
　　第二，竞争性工资成本高，不适应高科技企业的创业特点。在民营科技企业发展中，面临的两难选择在于：如果采用竞争性的工资制度，就会导致创业成本过高，增大经营风险；而拒绝竞争性的工资安排，又无法吸引到优秀的软件开发、工程管理和市场营销人才，致使企业后劲乏力。
　　第三，决策者在现阶段拔高了员工的需求层次。很多民营科技企业的负责人都有很高的理念和抱负，他们希望通过企业文化或语录等方式，增强企业的凝聚力，激励员工创业。一般说来这些精神、文化的激励是当物质激励得到满足、企业组织结构步入正规化之后才能发挥较大的作用；而当企业处于成长阶段，以绩效为基础的加薪、奖励以及其他物质刺激在决定员工积极性方面仍起着基础性作用。
　　第四，员工个人成就感得不到实现，无法借助富有挑战性的工作来突破能力局限。在民营科技企业中，有部分员工存在较高的成就需要，他们喜欢独立负责处理问题，从事具有适应挑战性的工作并期待借助薪金、晋升等途径得到工作绩效的反馈信息，从而了解自己是否有所突破，但公司现有的激励制度并没有满足员工的成就需要的机会。
　　此外，随着民营科技企业的发展壮大以及研究开发的不断深入，知识产权的保护越来越具有重要的作用。在这方面，目前部分企业观念还比较淡薄，有待进一步加强。