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科技成果转化是转化主体备方不断获取自身利益的过程，收益分配机制是众多影响科技成果转化因素中极为重要的一项。“高水平重点建设高校”分配机制上存在诸多问题：制度设计上重研究轻应用，分配娄型上重经济轻名誉，激励重点上重前期轻后期以及激励对象上重研发轻市场。高校应该从加强顶层设计、调整奖励重心、增加奖励对象以及试行“校方定额收益”的分配方式等方面，创新科技成果转化收益分配机制。