在使用负面清单模式时，要高度警惕可能会对本国产业和投资管理体制带来的冲击。
　　10月5日上午，美国与亚太地区十一国已初步达成以自由贸易和投资及知识产权规范为主的跨太平洋伙伴关系协定（下称TPP）。TPP协议的达成无疑会对中国因WTO得到的关税减让和自由贸易的红利产生巨大影响，基于负面清单模式的自由贸易区谈判步伐将进一步加快。从历史上看，作为由美国等发达国家率先采用并推行的“负面清单”模式，从其创始之初，就以促使谈判对方（一般是发展中国家）更大程度打开国门为目的，发展中国家在与美国等发达国家签订FTA或BIT中大多处于弱势。
　　从墨西哥、卢旺达、乌拉圭等国与美国签署负面清单模式FTA或BIT协定的经验来看，其清单中未列入众多限制性行业和措施，对于卢旺达和乌拉圭等体量小的经济体，其清单更加简单。这一方面是因为负面清单模式对体量小的国家冲击较小，另一方面也是由于本国经济实力决定了谈判的底气。
　　中国与这些国家不同，“吸引投资、以市场换技术”不再是现阶段国际贸易的主题，中国有更强大的资本和实力在国际谈判中提出要价。同时，中国经济体量巨大。在使用负面清单模式时，要高度警惕可能会对本国产业和投资管理体制带来的冲击。
　　在应对负面清单对中国产业的冲击方面，首先要坚定地保留战略性新兴产业。智能制造、新材料等战略性新兴产业正在快速发展，持续的技术创新和长期稳定的市场是其发展的必要条件，需要本土给予培育和保护。
　　大多数经历了外资准入管理从“正面清单”向“负面清单”转型的国家，都将传媒、网络、国家安全、能源等战略性新兴产业纳入清单中。例如印度在印韩FTA与印日FTA的负面清单中，对乳制品、空调冰箱等制造业进行严格限制。这些做法值得借鉴，在谈判中要坚持底线原则，把未来可能实行限制性措施的战略性新兴产业尽可能纳入到附件二（指区域价值的内容）中。
　　另外，充分运用未来可加严条款给本国创造空间。负面清单的附件二列明未来可能采取的限制性措施，这既是对附件一（指关税优惠内容）的有效补充，同时给予签约国更多自由空间。在美韩FTA自贸协定中，双方都在附件二中保留了未来对外国投资者投资行业增加新限制性条款的充足空间。中国也可借鉴这些做法，将未来与其他国家签订协定、与其他国家有对等交换条件、新的法律实施与修订等条款都写入附件二。
　　此外，还需考虑到负面清单模式对中国投资管理体制带来的冲击，从实施负面清单的发展中国家转型过程来看，为减小冲击实现逐渐过渡，各国结合国情制定的负面清单内容各异。有的国家在清单中涵盖业绩要求方面的限制，有的只对股比限制提出要求。
　　对于中国来说，负面清单制度是在投资准入实践改革中迈出的关键一步，为降低风险，需要做好在未来相当长一段时间逐步调整完善的准备。具体而言，一是要继续坚持阶段性推进开放，总体趋势上不断放宽准入，对于仍然不适合开放和敏感部门可以继续保留外资比例上限限制；二是保留行业特许经营证审批程序；三是加大市场监督、责任追查和风险控制环节的执行效率。