目的了解北京市二级及以上医疗机构疾控工作服务情况及人力负担,为制定医疗机构公共卫生服务政策补偿机制提供科学依据。方法采用定量与定性研究相结合的研究方法,通过调查问卷和关键知情人访谈,收集并分析二级及以上医疗机构疾控工作开展情况、疾控工作人力负担、相关工作用时和服务付费等内容。结果在北京市接受调查的144家二级及以上医疗机构中,70.83%的医疗机构都建立了疾病预防控制处(科),平均配置工作人员2.1名,其中二级医院平均为3.3人,三级医院平均为4.1人;各医疗机构主要开展了11方面30项疾控相关工作,开展比例居于前3位的依次是传染病报告、传染病监测和死因报告工作;健康教育、传染病监测、食源性疾病监测等工作年平均用时最多,分别为1 280h/年、1 225h/年和1 221h/年;在30项疾控相关服务中,完全不收费项目占63.33%,部分收费项目占36.67%。结论北京市二级及以上医疗机构疾控服务体系和组织架构已经基本建立,疾控服务内容也基本覆盖了国家法律法规要求,但疾控服务的人力成本基本由医院自身承担,建议政府制定医疗机构疾病预防控制服务人力成本补偿机制和标准。