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行政权力与学术权力作为高等学校的两种主要权力，对高校的发展起着举足轻重的作用。两者的关系始终处于动态调节之中，并因各自理念及作用方式的不同而存在不同程度的冲突。第三部门的引入，为厘清与界定行政权力与学术权力的关系提供了一个崭新的分析视角。构建行政权力为经、学术权力为纬的权力运行路径，并对两种权力进行合理定位，建立以志愿、民主、协商为机制，以公共利益为栽体的多种权力相互制衡的权力运行机制，是确保行政权力与学术权力协调运行的有效途径。