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采用ESI—MS研究了一系列结构具有可比性的N-二异丙氧基磷酰化肽酯及小肽同20种蛋白氨基酸及3种D型氨基酸（D—Ala、D—Ser、D—Phe）的非共价相互作用。结果表明，可形成π-π共轭体系的芳香环，可显著增强磷酰化肽酯及小肽与氨基酸的相互作用力，π-π堆积力是首要的非共价相互作用力；可形成氢键的极性基团有利于形成复合物，但能否形成氢键还要受到分子柔顺性的影响；另外，分子大小、空间位阻对复合物的形成也有影响；而氨基酸的手性对它们的相互作用在质谱条件下没有表现出影响。