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目的:建立适用于中麻黄的简单重复序列区间-聚合酶链反应(ISSR-PCR)最佳反应体系。方法:以凝胶成像系统下特异谱带特征为评价指标,以Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和DNA模板为考察因素,采用L16(45)正交试验优选条件;通过单因素试验对反应体系中各种影响因素进行筛选。结果:中麻黄ISSR-PCR最佳反应体系(20μl)为30 ng DNA模板、0.25 mmol/L dNTPs、2.0 mmol/L Mg2+(10×PCR Buffer)、0.4μmol/L ISSR引物、1.5 U Taq DNA聚合酶;并筛选出了12条ISSR-PCR引物的最佳退火温度。结论:所建中麻黄ISSR-PCR反应体系经过10份中麻黄材料检验证明该体系稳定可靠,可用于中麻黄遗传分析。