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哲学指导自然科学的真正含义是，自然科学家在科研过程中接受来自哲学方面的世界观和方法论影响，这种指导是由哲学和自然科学历史发展的实际情况，研究对象的性质及哲学思维本身的特点决定的；它以思维模式为中介，通过“降层”或“转换”为思维模式的一般层次并与具体科学问题相结合来发展作用，具有战略性，间接性、两重性的特点。