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求生物序列的最长公共子串是生物信息学中最重要的问题之一，提出了该问题的一个快速算法，可对所有初始同字符对并行地寻找其后继同字符对，并记录下相应层次值。最后通过最大层次值回溯得到比对结果。此外，该算法采用了剪枝技术，对于明显不能得出最优比对的同字符将中止其后继的搜索。实验结果证明，本文算法比其他算法速度快、精确度高。