正如陈清泰所说，国资委履行出资人职责难就难在执行“如何既到位，又不越位”。那么，地方国资机构将会面对怎样的难题？
　　首先，是如何处理同各级政府的关系。由于国资机构是对各级政府负责，其管理目标将受政府目标的影响，即使不与政府目标完全一致，也是基本服从的。仅从经济角度考虑，政府是希望其管辖的企业的经济效益得到最大的增长。
　　然而，政府除实现经济目标外，很大程度上还承担着相当大的社会责任，这种社会非经济利益的目标，很难与企业自身的经济目标完全划清界限。尤其是当企业追求经济利益的行为与政府认为的社会利益相冲突时，政府是否能独立地解决所产生的社会问题，还是愿意或者倾向于通过国资机构影响企业应有的经济抉择来避免社会问题的产生。
　　这样，由于政府作为出资人义务的履行者，使得国资机构管理下的企业仍然无法避免地承担了本不应由其承担的社会责任。在国有独资的情况下可能这种矛盾并不尖锐，然而，其他成分的出资人加入后，国有出资人的这种性质很可能会侵害其他股东的利益，尤其在国有出资比重占绝大多数的情况下更是如此。
　　其次，是它的成立能否加强对国有资产的管理。从委托代理理论来说，各级国有资产管理机构的建立，简化了国有资产的委托代理关系，缩短了代理路径，能更有效地激励代理人对国有资产的管理。
　　然而，这种管理关系的改变并没有从根本上改变其最终所有者——全民对其资产的关心程度，从而也很难实质性加强代理人对国有资产的管理。
　　从委托代理关系的变压器理论来看，就是这种机构改革，很明显地减少了出资人到管理者间“降压器”的数量，但由于其未必能改变原本很小的“输出电压”——提高委托人对其财产的关心程度，所以最终改革的效果很难判断。
　　说得通俗一点就是，企业的董事是因为关心财产才成为董事，而并不是冠以“董事”头衔才关心财产。
　　而这次机构改革，是否能真正使最终履行代理者职责的责任人真正关心国有财产，还很难下结论。
　　因此，地方各级国资机构的建立，是否会像张维迎教授曾说过的是“通过马背上画白道道才制造斑马”，还是能真正通过基因技术制造斑马，我们将拭目以待。