多主棒孢菌(Corynespora cassiicola)是危害黄瓜、番茄、橡胶等作物的重要病原真菌。研究不同地区、相同或不同寄主棒孢菌的遗传多样性,对了解多主棒孢菌的遗传分化和病害防治具有重要意义。本研究从天津、山西、河南、河北、山东、辽宁等黄瓜主产区共采集、分离纯化得到32个黄瓜多主棒孢菌菌株,对其生物学培养特征以及ISSR遗传变异进行了分析。菌株培养特征表明,在供试32个菌株中,Ⅰ型菌株有24个(5-28号),占75%,其菌落黑褐色,边缘浅绿,菌丝生长旺盛,PDA培养基上产孢量较少;Ⅱ型菌株4个(1-4号),占12.5%,菌落黑色,粉末状,PDA培养基上可大量产孢;Ⅲ型菌株4个(29-32号),占12.5%,菌落浅灰色或灰白色,菌丝疏松,基物浅粉色,PDA培养基上产孢量极少。其中Ⅰ型菌株占75%,为病菌优势小种。对该32个菌株和2个番茄寄主分离的多主棒孢菌株多样性进行了ISSR指纹分析,23条ISSR引物共扩增获得204个位点,其中194个为多态位点,占95.10%。32个黄瓜寄主的菌株间遗传变异较大,两两间的遗传相似系数在0.627 5~0.995 1之间。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数为0.65时,将34个菌株分为4个组,每组包含的菌株数分别为26、5、1、2。聚类分析结果显示,来源于黄瓜和番茄寄主上的菌株遗传分化较大,在相似系数为0.31时可以明显分为两簇。从多态性分析及聚类结果看,病菌分化与地理来源无明显的相关性,但与寄主来源可能存在相关性。该研究充分说明黄瓜棒孢叶斑病菌基因组在SSR区域具有丰富的遗传多态性,为黄瓜棒孢叶斑病抗病育种以及综合防治提供了重要的理论参考,并可以为多主棒孢菌的分类鉴定及系统发育研究提供依据。