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以粳稻日本晴基因组DNA和Cot-1 DNA为探针,分别对日本晴、籼稻广陆矮4号和普通野生稻的染色体组进行了基因组原位杂交（GISH）和Cot-1 DNA荧光原位杂交（FISH）分析,并对3种染色体组进行了同源聚类和比较研究.结果表明：粳稻基因组DNA和Cot-1 DNA探针信号在3种水稻染色体组中的分布状况和覆盖率相似,Cot-1 DNA的覆盖率分别为（47.13±0.18）%、（45.89±0.22）%、（44.24±0.21）%,3种水稻基因组同源性高,亲缘关系接近.C