【摘 要】
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2010年以来,猪流行性腹泻给我国养猪业造成了严重的经济损失。为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本研究对2014-2016年江苏地区20株PEDV野毒株的S基因进行克隆和测序,并对
【机 构】
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江苏省农业科学院兽医研究所; 安徽农业大学动物科技学院; 河北农业大学西校区动物医学院;
【基金项目】
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国家重点研发计划(2016 YFD0500101);江苏省农业科技自主创新资金[CX(15)1056]
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2010年以来,猪流行性腹泻给我国养猪业造成了严重的经济损失。为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本研究对2014-2016年江苏地区20株PEDV野毒株的S基因进行克隆和测序,并对其遗传进化、序列变化、抗原表位等情况进行分析。遗传进化树显示,所测的PEDV毒株可分为G1、G2两大分支,12株流行野毒株位于G2b分支上,8株属于G1群S-Indel型,而与疫苗毒株亲缘关系较远。序列对比发现,氨基酸变化主要集中于S1区N端,所测毒株JSCZ1601出现了特异性的缺失。20株毒株的核苷酸(氨基酸)同源性为95. 1%～99. 8%(94. 6%～99. 9%),与我国流行毒株AH2012、疫苗毒株Attenuated DR13、欧美毒株CV777的同源性为95. 5%～99. 3%(94. 6%～99. 0%)、93. 5%～96. 0%(92. 5%～96. 3%)、93. 6%～95. 8%(93. 0%～96. 5%)。表位分析表明,主要变异位于COE、SS2区域,两个线性表位(SS6和against2C10)相对保守;跨膜螺旋区域的预测得知毒株之间存在部分差异。这些结果表明,江苏省流行的PEDV毒株发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。
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