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蛋白质分子的基本结构是由肽键(主键)、二硫键(副键)维系的共价结构。其主要内容包括组成蛋白质的氨基酸种类、数量、排列顺序及共价连接方式。蛋白质分子的空间结构是由非共价作用维系的空间构象。其主要内容包括肽键的卷曲、折叠及侧链R基的空间排布所形成的特定空间构象。蛋白质分子特定的有规则的空间构象是蛋白质特定生物活性的基础。蛋白质变性是由于空间构象的破坏,不包括肽键、二硫键所维系的共价结构。