基于miRNA-mRNA调控网络股骨头坏死的关键基因筛选与分析

来源 :中国组织工程研究 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yuzhou519
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
背景:microRNA(miRNA)被证实参与了股骨头坏死的发生、发展及防治,但其作用机制尚不清楚.目的:借助GEO数据库,采用生物信息学手段探讨股骨头坏死相关的miRNA-mRNA调控关系对,阐释其潜在的作用机制.方法:通过GEO数据库下载股骨头坏死相关的miRNA芯片数据集(GSE89587)和mRNA芯片数据集(GSE74089),借助R软件Limma包进行数据差异表达分析,使用miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库预测差异表达miRNA调控的潜在下游靶基因,利用Cytoscape构建miRNA-mRNA调控网络,通过R软件clusterProfiler包对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,借助STRING数据库构建调控网络中靶基因的蛋白互作网络.结果 与结论:①实验共筛选出23个差异表达的miRNA,其中10个上调(如hsa-miR-4325,hsa-miR-3654),13个下调(如hsa-miR-4680-5p,hsa-miR-4711-3p);②实验共筛选出3992个差异表达mRNA,其中2503个上调(如TGFBI,AMTN),1489个下调(如MSMP、FLJ35424);③利用Targetscan、miRTarBase和miRDB数据库预测出255个同时存在于3个数据库的下游靶基因,整理出10个miRNA(如hsa-miR-3920、hsa-miR-3675-5p)和34个mRNA(如MAPK6、SP1)进行调控网络构建;④GO和KEGG富集分析主要集中在调节mRNA稳定性、转化生长因子β信号通路及自噬等;⑤DDX3X、HNRNPC和SP1作为PPI网络中的枢纽基因,可能是股骨头坏死的关键靶标;⑥实验构建的miRNA-mRNA调控网络在一定程度上阐明了miR-4725-3p可能靶向抑制SP1介导的转化生长因子β信号通路诱发股骨头坏死发病,为股骨头坏死的防治诊疗提供了强有力的数据支撑和研究方向.
其他文献
背景:近年来国内外针对于PaproskyⅢ型髋臼缺损的治疗研究取得了新的进展,常用的重建方法有钽金属垫块、髋臼加强杯-加强环、骨水泥髋臼假体及重建钢板和钛金属网等.目的:探讨人工髋关节翻修治疗中应用自体髂骨块联合钛板重建PaproskyⅢ型髋臼骨缺损的临床疗效.方法:选择2012年6月至2020年8月蚌埠医学院第一附属医院收治的髋关节翻修PaproskyⅢ型髋臼骨缺损患者15例,其中男9例,女6例,年龄47-78岁,均进行自体髂骨块联合钛板重建治疗,观察患者术后临床体征及X射线片表现.评价患者术前及末次随
背景:股骨髁和胫骨平台的解剖学参数影响膝关节的生物力学,股骨内侧髁和胫骨内侧平台的匹配性可能会影响内侧半月板所受的环状应力大小,从而影响内侧半月板后根撕裂.目的:评估股骨内侧髁和胫骨平台的匹配性对内侧半月板后根撕裂的影响.方法:选择2016年1月至2020年1月因膝关节疼痛于中国人民解放军联勤保障部队第904医院行膝关节MRI检查的患者,最终选择52例确诊为内侧半月板后根撕裂患者(观察组)与40例无骨及软组织解剖结构异常患者(对照组).在MRI检查图像上测量两组患者的膝关节解剖学参数,股骨内侧髁前后径、胫
背景:低压低氧会影响大鼠肺功能,造成肺组织细胞凋亡诱发肺血管重塑;运动预适应能通过上调肺组织中核因子E2相关因子2/抗氧化反应元件信号通路改善肺血管重塑所致的肺损伤.目的:基于核因子E2相关因子2/抗氧化反应元件信号通路探讨运动预适应对低压低氧诱发大鼠肺损伤的保护作用.方法:将80只SD大鼠随机分为4组,每组20只,依次为正常组、模型组、短期运动预适应组(短期组)、长期运动预适应组(长期组).短期组大鼠进行持续1周的游泳训练;长期组以短期组方式持续运动3周,短期组、长期组于末次运动结束后次日与模型组大鼠置
背景:对于腰椎间盘突出症的发生,白细胞介素23促进辅助性T17细胞进一步分泌白细胞介素17,白细胞介素17协同肿瘤坏死因子α促进各种炎症递质产生,从而介导炎症反应和自身免疫反应,引起坐骨神经痛等症状.目的:探讨白细胞介素23/辅助性T17细胞轴与腰椎间盘突出症的关系.方法:选取38例髓核标本,其中30例取自腰椎间盘突出症患者,8例取自腰椎骨折患者,同时在入院时抽取两组患者的外周血样本.所有患者均收治于南通大学附属医院脊柱外科,根据临床症状、影像学检查及术中所见确诊.采用免疫组化法检测两组患者髓核组织中白细
背景:临床上广泛采用自体神经移植来达到神经修复的目的,但应用效果欠佳,而聚乙二醇的应用从细胞融合剂到水凝胶生物黏合剂再到促轴突融合神经修复新型材料等,因此若能联合聚乙二醇探索出加快神经功能重建的方法,可以更好地应用于临床,并且对神经再生与功能重建也具有重要意义.目的:阐述聚乙二醇在神经功能重建领域的应用进展.方法:利用PubMed和中国知网数据库,检索有关聚乙二醇促细胞融合以及聚乙二醇作用于神经修复的文献,检索时间为2020年10月至2021年3月,英文检索词为“PEG,polyethylene glyc
目的:系统评价间充质干细胞治疗缺血性脑卒中的疗效和安全性,比较不同间充质干细胞移植途径临床疗效的差异.方法:计算机检索PubMed、中国知网、万方数据、维普、Web of Science及SinoMed数据库,搜集2005年1月至2021年3月的间充质干细胞治疗缺血性脑卒中的随机对照试验,对照组采用常规治疗,干细胞组采用间充质干细胞移植治疗.利用Cochrane协作网推荐的偏倚评估工具对纳入的文献进行文献质量评估.利用RevMan 5.3和Stata 16.0软件对纳入的主要结局指标为神经功能缺损评分(N
背景:髌股关节疼痛综合征是运动损伤领域常见疾病,国内外对其研究逐年递增,但目前中国尚无针对髌股关节疼痛综合征的可视化分析.目的:客观分析近13年国内外髌股关节疼痛综合征的文献信息,总结该领域近期研究方向并梳理国内外知识结构.方法:通过Web of Science和中国知网数据库中收集近13年髌股关节疼痛综合征的相关文献,运用Citespace软件进行相关指标的可视化分析,最终呈现该领域研究热点及发展趋势.结果 与结论:①最终Web of Science数据库中共纳入1679篇文献,其中发文最多的作者是来自
背景:随着人工生物材料的更新及手术技术的进步,全膝关节置换已成为治疗重度膝关节骨关节炎的可靠方法,可有效解决膝关节骨关节炎患者的关节疼痛、关节僵硬,矫正关节畸形,恢复关节功能.但是,全膝关节置换后患者膝关节创口面积大,血液循环环境遭到破坏,血流缓慢凝滞易致机体形成高凝状态诱发深静脉血栓,严重影响手术疗效及患者满意度,甚则有发展为致死性肺栓塞的可能,是全世界关节外科专家共同关注的临床难题.目的:观察推拿预防膝关节骨关节炎患者全膝关节置换后下肢深静脉血栓的有效性.方法:采用随机对照设计,收集上海中医药大学附属
背景:细胞膜片技术在组织再生和修复方面具有广阔的应用前景,其在骨组织工程研究领域也具有重要的作用和应用价值.目的:综述细胞膜片技术在骨组织工程中的应用及存在的问题.方法:应用计算机检索CNKI数据库、PubMed数据库及Elsevier数据库中发表的细胞膜片在骨组织工程中应用的相关文献,中文检索词为“细胞膜片技术,细胞膜片,骨,骨缺损,骨修复,组织工程,骨组织工程”,英文检索词为“Cell sheet technology,Cell sheet,Bone,Bone defect,Bone repair,T
背景:外泌体是一种膜性囊泡结构,可以由多种类型细胞分泌,广泛存在于血液、尿液、脑脊液、母乳等多种体液中,具有介导细胞间通讯的潜力,可以激活多种信号通路.研究表明,间充质干细胞源性外泌体能够直接影响脑实质细胞的功能,还具有间接的神经修复作用,作为载药系统可以提高中药的治疗效果.目的:对中药调控间充质干细胞源性外泌体治疗缺血性脑卒中的作用机制研究进展作一综述.方法:检索万方、CNKI、PubMed、Web of Science等数据库2009至2020年期间关于中药调控间充质干细胞源性外泌体治疗缺血性脑卒中的