和普通药品、保健品不同，服用益生菌一定要尽量保持它们的活性，所以具体到补充的方法，有很多讲究。
　　低温保存，低温食用
　　益生菌的活性会随着温度升高而提升，并进入发酵过程；当温度超过60℃时，益生菌会进入衰亡阶段。因此，益生菌产品最好在冷藏条件下取出后直接食用，避免高温加热。冲调含有益生菌的奶粉或制剂，也只能使用35～40℃的温开水，并在冲泡后及时服用，以免益生菌死亡失效。
　　饭后食用最佳
　　益生菌容易被胃酸杀死，但是当胃里有食物时，食物能够中和胃酸，有利于益生菌活着到达肠道并发挥作用，所以最佳食用时间为饭后。
　　加点益生元，事半功倍
　　益生元就像是益生菌的食物，能为益生菌补充能源，促进其生长和作用。它们主要存在于母乳、蜂蜜及大豆、洋葱、大蒜等食物中，多吃这些东西，就等于在体内为益生菌布置了一个它们喜欢的生长环境。
　　多数的益生菌不喜欢肉类和葡萄糖，过多糖分也会降低它们的活性。
　　不能与抗生素同服
　　抗生素不能识别有害菌和有益菌，它杀死敌人的时候，往往把有益菌也杀死了。不过使用抗生素过后补充一点益生菌，会对维持肠道菌群的平衡起到很好的作用。记住：两者间隔的时间应不短于2小时。
　　对症选择
　　不同菌种、不同菌株、不同的供应商、不同的菌株配比，功效都可能完全不同，所以选择益生菌应根据不同的功能需要。比如双歧杆菌能将糖分解后生成乳酸和醋酸，提高钙、磷、铁的利用率，促进铁和维生素D的吸收，双向调整肠道功能，既能缓解便秘又能缓解腹泻，是婴幼儿益生菌产品最常用的菌种之一。而嗜乳酸杆菌则能协助蛋白质消化，有利于缓解胃肠胀气。
　　100万个才有效
　　我国乳酸菌标准明确规定，酸奶中活菌的数量要达到每毫升100万个，否则就不能保证最终到达大肠的活菌量，也就无法保证功效。
　　如此计算，每天喝1瓶约100ml活性乳酸菌饮品（以每瓶100亿个活性乳酸菌计）就足以满足人体所需。