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SPF鸡群容易受到微生物的污染，任何一个环节出现问题，导致少量的微生物侵入SPF鸡舍内，都能导致鸡群发病。消毒可以有效地杀灭绝大多数的病原微生物，是SPF鸡场预防和控制传染病的发生、传播和蔓延的一项有效措施。SPF鸡场在借鉴国内外同行有关建立屏障系统，制定饲养程序，健全设备维护和完善检测手段等方面经验的同时，更应将注意力集中到卫生防疫方面。