【摘 要】
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局部相似连接能快速找出数据集间的局部相似记录对,是基因序列比对、剽窃检测和数据清洗等研究领域的基本操作。文中主要研究基于MapReduce框架的并行相似连接技术,提出了一
【基金项目】
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教育部人文社会科学研究青年基金项目(15YJC870021) ;国家自然科学基金青年基金项目(61602056) ;国家社会科学基金项目(19BTQ028) ;辽宁省自然科学基金(20170540015) ;辽宁省社会科学基金(L18AXW001) ;辽宁省教育厅科学研究项目(L2015010)资助。
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局部相似连接能快速找出数据集间的局部相似记录对,是基因序列比对、剽窃检测和数据清洗等研究领域的基本操作。文中主要研究基于MapReduce框架的并行相似连接技术,提出了一种基于Q-sample的局部相似连接算法,解决了局部相似连接的定位问题。该算法采用了过滤验证二阶段模式:在过滤阶段,所提算法使用Q-sample分割方案拆分字符串集,在不丢失任何匹配的基础上生成了高质量的子串,抛弃了大量的无关字符串对;在验证阶段,所提算法优化了LS-Join算法的双向扩展验证方法,通过去除冗余匹配、合并连续匹配和合并非连
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