目的了解新疆地区维吾尔族和回族苯丙酮尿症(PKU)患者苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因的突变特征,为该地区PKU的产前诊断和遗传咨询提供理论依据。方法应用PCR产物直接测序法、基因芯片捕获和二代高通量测序技术共对47例维吾尔族和回族PKU患儿及其父母的PAH基因启动子、第1~13外显子及其旁侧内含子等区域进行PAH基因突变分析。结果在新疆地区维吾尔族(33例)、回族(14例)PKU患者PAH等位基因中分别检测出27种、19种不同的突变基因,总检测率分别为89.4%(59/66)、89.3%(25/28),均以错义突变(51.9%、68.4%)、剪接位点突变和无义突变为主,两民族PAH基因大部分致病突变主要分布在第6、7、12外显子。维吾尔族PKU患者PAH基因最常见的致病突变是R413P(12.1%)、R243Q(9.1%)、EX6-96A>G(7.6%)、F161S(7.6%)、IVS10-11G>A(6.1%)、P281L(4.5%)和IVS11-2A>C(4.5%);而回族最常见的致病突变是R413P、R243Q、R155H、R176X、R241C和A300S(均为7.1%),新疆维吾尔族PKU患者最常见的PAH基因致病突变是R413P,不同于中国汉族和韩国最常见突变是R243Q,也不同于欧洲最常见突变是R408W。IVS11-2A>C和R155H可能分别是新疆维吾尔族、回族独有的PAH突变类型,新疆维吾尔族、回族PAH基因突变与中国北方类似,但显著区别于欧洲、拉丁美洲及中亚等国家及地区。新疆地区回族PKU患者中检出的M1I(c.3G>T)是国际上未见报道的新的PAH基因突变,而T81N(c.242C>A)、V230A(c.689T>C)和L348V(c.1042C>G)突变为国内首次报道。结论新疆地区维吾尔族和回族的PAH突变基因具有其自身独立保守的特性,而且还存在相互交叉、相互融合的特征,提示新疆多民族地区是研究基因突变多样性、PAH异质性以及人类起源、迁徙等的遗传资源宝库。