【摘 要】
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目的利用生物信息学的方法，探究不同亚型肠道病毒-D68型（EV-D68）的3C和3D非结构蛋白序列及结构是否存在差异。方法通过将近年来世界各国EV-D68流行株（主要为中国株和美国株）的VP1核酸序列进行比对，利用邻接法（Neighbor-Joining）构建系统进化树进行分型，选取各型的代表株，利用其3C和3D蛋白的核酸序列构建进化树并同时利用其氨基酸序列进行同源建模，以进行蛋白质结构分析。结果
【机 构】
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650118 昆明，中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,650118 昆明，中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验
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目的利用生物信息学的方法，探究不同亚型肠道病毒-D68型（EV-D68）的3C和3D非结构蛋白序列及结构是否存在差异。
方法通过将近年来世界各国EV-D68流行株（主要为中国株和美国株）的VP1核酸序列进行比对，利用邻接法（Neighbor-Joining）构建系统进化树进行分型，选取各型的代表株，利用其3C和3D蛋白的核酸序列构建进化树并同时利用其氨基酸序列进行同源建模，以进行蛋白质结构分析。
结果通过分析发现，EV-D68 Clade A、Clade B亚型毒株3D蛋白的三级结构均相同；而在3C蛋白的三级结构中，Clade B1亚型的毒株与Clade A、Clade B2和Clade B3亚型毒株存在差异。
结论3C蛋白的三级结构上的差异可能导致EV-D68 Clade B1亚型毒株的毒力和致病性高于Clade A、Clade B2和Clade B3亚型毒株。
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