污染源普查是重大的国情调查，农业污染源普查是污染源普查的重要组成部分，是农业资源环境的基础性工作。做好农业污染源普查工作，有利于全面掌握江西省农业污染源的数量、地区分布、污染物产生、排放和处理等情况，为农业环境污染防治提供决策依据，对于准确判断江西省当前农业生态环境形势，加快推进生态文明建设和绿色农业发展，补齐全面建成小康社会的生态环境短板和实现乡村振兴战略目标具有重要意义。
　　普查对象为江西省种植业源、畜禽养殖业源、水产养殖业源以及地膜、秸秆和农业移动源。普查内容重点包括种植业源、畜禽养殖业源、水产养殖业源以及地膜、秸稈等五个方面的农业生产活动基础数据调查、抽样调查、污染物产生量和排放量监测等，同时提供与污染源核算相关的农业机械和渔船数据，并积极配合生态环境部门开展种植业及畜禽养殖业废弃污染物排放核算和典型流域农业源入水体负荷研究等工作。
　　2018年1月，江西省农业农村厅成立了江西省第二次全国农业污染源普查工作领导小组及办公室，统筹协调开展全省第二次全国农业污染源普查工作。全省11个设区市及管辖县（区）均已成立农业污染源普查机构
　　2018年8月，印发了《江西省第二次全国农业污染源普查方案》，方案明确了普查内容、工作职责。农业系统外部，各级农业普查办与各级普查办建立了良好的沟通协调机制，加强合作，相互配合，共同推进全省农业污染源普查工作。农业系统内部，统筹协调种植业、畜牧、水产、农机、渔政等相关部门开展普查工作，已形成了各级农业普查办统筹协调，各行业部门积极配合，共同推进普查工作的良好协同工作机制。建立了调度机制，每周调度各设区市及县的各专题普查工作完成进展，并下发农业污染源普查进展情况通报，督促各地加快普查工作进度。同时，建立了微信群、QQ群开展业务指导，及时发现问题、解决问题。
　　通过前期清查阶段的筛选建库，全省各级农业部门对辖区内畜禽规模以上养殖场逐一清查，建立了江西省畜禽规模化养殖场清查数据库。各级农业部门根据清查阶段数据库，组织普查员开展入户调查，实地向养殖户获取数据填报普查表格，2018年年底初步建立了全省畜禽规模养殖场普查数据库。已完成种植业典型地块、畜禽规模以下养殖场、秸秆产生量与利用量、地膜使用量与回收量的入户调查现场数据采集工作。2019年监测采样工作正有序推进中。
　　农业污染源普查工作涉及内容多、涉及面广，普查数据繁杂。为确保数据质量，江西省级层面多次印发有关做好质量控制相关文件，要求各地严格按照质控要求进行数据审核和系统填报，层层审核，层层把关。并组织质量控制专家开展全省农业污染源普查质量核查工作，现场核查发现问题，改正问题，市、县级农业部门参照省级要求落实推进普查质量控制工作。全省各级农业部门严格贯彻落实“数据质量是普查工作生命线”要求，仅省级层面开展了3次数据集中会审，7次现场质量核查工作，全方位发现问题，反馈市县立行立改。