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社团法人日本东洋医学会成立于1950年，是日本医学会下属的一个分科学术团体，也是日本文部科学省认可的公益法人。日本东洋医学会的主要任务是承担学术会议的召开、学术杂志及其他出版物的发行，（东洋医学）专科医生的认定，有关东洋医学的调研，以及与国内外相关组织或机构的合作与交流等工作，现任会长是来自北里东洋医学综合研究所的石野尚吾。