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利用1991—2009年我国的相关数据,以专利数量作为企业自主创新的代理变量,以国内生产总值、人力资本、研发资本作为控制变量,采用协整模型对我国金融结构与企业自主创新的关系进行了实证研究。研究结果显示：市场需求对企业自主创新能力的影响最大,人力资本水平对企业自主创新的影响速度最快;我国金融结构对企业自主创新有显著影响,但影响存在时滞。提出加强金融市场的发展、扩大直接融资的渠道和规模更有利于企业进行自主创新。