为了分析FMDV AF72VP2蛋白结构和功能的关系。以口蹄疫病毒株AF72 RNA为模板,反转录并扩增目的基因,PCR纯化产物与pGEM-Teasy载体连接并转化JM109菌株,用凝胶电泳、PCR和SpeⅠ、SphⅠ双酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序。比对测序结果确定AF72 VP2的核苷酸序列,利用同源建模的方法建立AF72 VP2结构蛋白的3D结构,在此基础上,综合亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数预测AF72 VP2结构蛋白的B细胞抗原表位。分析表明,口蹄疫病毒VP1,VP2,VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的(P>0.05);而他们在氨基酸水平上的变异率差异显著(P<0.05)。该毒株与20株源于GenBank中的VP2氨基酸序列比对发现其保守区主要位于第1~23、37~51、66~76、85~101、124~142、165~199、205~219位。保守区氨基酸残基在维持VP2蛋白的空间构象和功能方面具有重要作用,其中1~10、129~140、165~176氨基酸区段是AF72 VP2结构蛋白可能的B细胞抗原表位区域,该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究提供更有价值的参考信息。