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利用SSR分子标记技术研究了135个西南地区玉米自交系的遗传多样性，62对SSR引物共检测出429个等位基因变异，每对引物检测到等位基因2～21个，平均为7个。聚类分析结果表明，大部分自交系划分到几大类群中，少数四川和云南材料可形成单独的类群。并探讨了西南地区玉米自交系间的遗传差异，所有供试自交系中遗传相似系数变化范围为0．56～0．96之间，遗传相似系数小于0．60有8对材料，其中四川材料与云南材料之间的有6对，一个方面说明云南材料与四川材料之间有相对较大的遗传多样性，另一个方面也表明地理来源差异相对较