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不同竹种对杆锈病的抗性有明显的差异。高度感病的竹种如淡竹等，高度抗病的竹种如槽里黄刚竹、毛环竹等。同一竹种如早竹在南京和浙江余杭发病情况完全不同，试验证明是由于竹杆锈菌具有不同的专化型。栽植抗病竹种，改变病区高感竹种的单一性，是该病防治措施之一。在利用抗病竹种时要注意区域性和稳定性，以及适生高产和优质的特性。