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目的：探讨丹参川芎嗪注射液治疗脑血栓合并椎基底动脉系统供血不足的临床效果。方法：选取我院自2013年5月～2014年5月间收治的脑血栓合并椎基底动脉系统供血不足患者96例作为研究对象，随机将其分成两组即对照组患者48例采用疏血通注射液进行治疗，观察组患者采用丹参川芎嗪注射液进行治疗对比两组患者的治疗效果。结果：两组患者在治疗后的其血流动力学V A、B A指数均明显得到好转，观察组患者治疗总有效率明显优于对照组，两组数据对比差异具有统计学意义，P＜0.05。结论：在治疗脑血栓合并椎基底动脉供血不足时采用丹参川芎嗪注射液进行治疗能够改善患者的血流动力学指数，提升治疗效果因此值得推荐使用。