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区域创新一体化需要相应的组织基础来支撑。支撑区域创新一体化的组织包括管理组织、实践组织和服务组织三大类。以长三角为例对区域创新一体化的管理组织、实践组织和服务组织进行了详细分析。发现区域创新一体化的组织发展存在一般规律:区域创新一体化的管理组织存在行政权力逐步加强的趋势;实践组织存在创新方面联系紧密度逐步加强的趋势;服务组织组织形式具有多样性的特点,并且成熟度也不一样。