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针对蛋白质相互作用的预测问题,我们提出了一种基于局部支持向量机的预测方法。该方法充分考虑了蛋白质相互作用数据的局部相似性特征,提出在待测样本附近构建支持向量机模型。对两个真实的蛋白质相互作用数据集H.pylori和Human的测试表明,基于局部支持向量机的预测方法能够有效剔除无用样本对待测样本的负面影响有效地提高了蛋白质相互作用预测的性能与其它方法相比具有一定的优势。