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临床常见病原菌的检测方法中,传统的病原菌分离培养及表型鉴定方法检测周期耗时长,且操作繁琐、敏感性低、特异性差。相比这下,分子诊断技术可有效弥补传统方法的不足,尤其是2019新型冠状病毒(2019-nCoV)的暴发,使分子生物学理论和技术飞速发展并得到广泛应用,对指导临床预防、诊断、治疗及疗效评价起到重要的作用。该文从呼吸道感染、中枢神经系统感染、血流感染及胃肠道感染4个方面系统化介绍核酸检测技术在病原体鉴定中的应用,同时阐述这些方法在临床实验室应用时可能遇到的挑战和机遇。